מסתורין רב אופף את מערות קומראן – אתר ארכיאולוגי בסמוך לשפך נחל קומראן, בו גילה בשנת 1946 נער בדואי מערה ובה כדי חרס ובתוכם כתבי יד עלומים. בעקבות ממצאים אלו התגלו במערה ובסביבותיה מאות כתבי יד בעברית מהמאות השנייה והראשונה לפני הספירה המכונים "המגילות הגנוזות".
בחפירות ארכיאולוגיות בסמוך למערה נמצאו שרידיו של יישוב יהודי שהתקיים כאן בימי בית שני. ההערכה היא שאלו שרידיה של כת האיסיים, כת מדבר יהודה הסודית המסעירה את הדמיון שהותירה אחריה מבני מגורים, בית קברות, מקוואות ועדויות לחקלאות ולמלאכות קדומות שונות. האתר הוא גן לאומי מוכרז עם מרכז מבקרים, הדרכות, מיצג, הדרכות ונקודות תצפית על הנוף. נוצרים רבים מבקרים במקום בשל האמונה שיוחנן המטביל היה קשור לאיסיים וביקר כאן.